Определённого сезона размножения у ягуара нет. Самка готова к спариванию на третий год жизни. Хотя ягуар — одиночное животное, в период свадеб они могут собираться небольшими группами. Характерно, что поединков между самцами почти не бывает, а выбор партнёра полностью зависит от самки. После такого выбора невеста переходит на территорию избранника. Самец остаётся с самкой только на период спаривания.
Примерно через 100 дней после зачатия в логове среди камней, в густом кустарнике или дупле самка рожает двух-четырёх детёнышей. В их узоре больше чёрного, чем у родителей, причем он состоит не из розеток, а из сплошных пятен. В логове молодые ягуары проводят шесть недель, а с матерью охотятся до тех пор, пока не подыщут себе подходящую территорию для охоты.
Статус популяции
На значительной части своего прежнего ареала этот вид почти или полностью истреблён. Сыграли свою роль изменение людьми естественных местообитаний ягуаров, промысел ради ценной шкуры, а также отстрел скотоводами, опасавшимися за безопасность своих стад.
Ягуар внесён в международную Красную книгу и во многих странах охраняется. Отстрел ягуаров в ограниченных количествах разрешён в Бразилии, Мексике и некоторых других странах. В Боливии разрешена охота ради трофеев.