Ареал ягуара простирается от Центральной Америки до болот и сельвы Мату Гросу, а также севера Аргентины. Самые крупные ягуары обитают в бразильском штате Мату-Гросу. Ягуары полностью истреблены в Сальвадоре и Уругвае.
Основные местообитания ягуара — тропические дождевые леса и злаковники, но зверь встречается и в семиаридных районах, заросших ксерофитными кустарниками. Его встречали в горных лесах, на высоте до 2,000 м, и на океанском побережье, где хищник отыскивает и выкапывает черепашьи яйца.
Древнейшие останки ягуара датируются поздним плиоценом (примерно 2 млн лет). В те времена ягуар населял весь юг нынешних США (последние ягуары были здесь убиты около 1900 года). Сейчас ареал ягуара сократился до трети от первоначального.