По различным данным насчитывается от 3 до 9 подвидов ягуара, из к-рых как минимум 1 (Техасский) истреблён:
Следующие 4 подвида часто включаются к Мексиканскому ягуару:
Panthera onca arizonensis (Аризонский ягуар) — от юга штата Аризона до Соноры в Мексике; Panthera onca centralis (Центральноамериканский ягуар) — в Центральной Америке; Panthera onca goldmani (Ягуар Голдмана) — в Мексике, Белизе и Гватемале; Panthera onca veracrucis (Техасский ягуар) — в центральном Техасе (истреблён); Panthera onca palustris (Бразильский ягуар) — в Южной Бразилии; Panthera onca paraguensis (Парагвайский ягуар) — в Парагвае, часто включается в Бразильский подвид;
