Иногда по вполне объективным причинам породы кошек сталкиваются с угрозой своему существованию. Так, после Второй Мировой Войны, когда разведение кошек в Европе было полностью приостановлено, многие породы оказались на грани исчезновения. Для восстановления генофонда заводчикам пришлось вводить в разведение как беспородных животных, так и кошек других пород.
* The Winn Feline Foundation был основан CFA в 1968 г. для поддержки и финансирования медицинских исследований по улучшению здоровья кошек. Фонд назван в честь Robert. H. Winn, в течении длительного времени занимавшего пост юриста и советника CFA (прим. переводчика).
В племенной работе заводчики всегда опираются на тщательный отбор самых здоровых кошек, тем самым выстраивая качественные кровные линии, но иногда наследственные заболевания и нарушения, выявленные в породе, могут усложнить сохранение самой породы. Сегодня в связи с внедрением современных технологий по тестированию ДНК ведутся серьёзные научные исследования по ранней диагностике опасных заболеваний, позволяющие выводить из разведения (кастрировать, стерилизовать) отдельных животных-носителей этих заболеваний или целые кровные линии до того, как будет оказано негативное влияние на породу в целом. Комитет по здравоохранению CFA в сотрудничестве с заводчиками и ветеринарными специалистами оказывают помощь в разработке стратегий увеличения жизнестойкости и улучшения здоровья кошек. Одним из немногих центров по изучению и определению наследственности опасных заболеваний кошек является Winn Feline Foundation * - филиал CFA. Некоторые породы в настоящее время столь малочисленны, что постоянно приходится прилагать определенные усилия для поиска источника кровных линий для поддержания необходимого генетического разнообразия в породе. Благодаря растущей связи Интернет и более широким мировым связям через Интернациональную Дивизию CFA, начиная с 1990-ых годов обмен породистыми кошками значительно улучшился.
В начале 1990-ых годов некоторые группы по защите прав животных выступили с призывом полностью прекратить разведение породистых собак и кошек. Аргументация их идеи была такова: пока в приютах убивают животных, не должно в принципе существовать и племенного разведения, т.к. не все породистые животные смогут обрести свой дом и новых хозяев. Но такая точка зрения не учитывает того факта, что менее 1% кошек в приютах могут быть причислены к породистым и многие приюты подтверждают ничтожно малое количество таких животных. Такая идея ни в коей мере не способствуют сокращению бездомных кошек в приютах, а также размножению бездомных и одичавших кошек. Более существенный вклад в решение данной проблемы внесли общественные муниципальные программы, созданные на основе сотрудничества всех заинтересованных групп населения.
Недавно некоторые псевдо-активисты по защите прав животных продвинулись еще дальше, выражая протест по поводу факта купли-продажи животных-компаньонов и утверждая, что рассматривать животных в качестве собственности - аморально. Эта философия, доведённая до крайности (чтобы не сказать, до абсурда), рассматривает содержание животных в качестве домашних любимцев (независимо от того, породистые они или нет) как их эксплуатацию. Предложенная замена термина владелец на опекун символизирует желание этих активистов , в конечном итоге, искoренить владение кошками и собаками в качестве домашних любимцев.
Существует масса доводов, из-за которых такие теории не могут быть узаконены и применены на практике для защиты и улучшения жизни животных. Требуются годы, чтобы преодолеть распространенное общественное мнение о кошках, как о независимых натурах , частично зависящих от хозяина и заменить его на восприятие кошек, как имеющих хозяина и заботливо выращенных домашних животных. Тесное общение кошек и людей оказалось взаимовыгодным для обоих. CFA прилагает колоссальные усилия по сокращению численности бездомных кошек и верит в то, что этого можно достичь без введения запрета на владение домашними любимцами и акций, направленных против разведения породистых кошек.