Ведет одиночный образ жизни. Подобно большинству котов, маргай территориален, занимая участки до 12 – 16 км. Охотничьи индивидуальные участки отдельных особей могут частично перекрываться, но индивидуумы всегда придерживаются определенного расстояние друг от друга. Территорию участка они метят мочой, экскрементами и секрециями от запаховых желез, расположенных между их пальцами на ногах и на лицевой области. Самцы имеют дополнительные хвостовые железы для маркировки их территории.